Svätý Otec Ján Pavol II. sa v priebehu svojho pontifikátu viackrát obrátil na veriacich s apelmi, príhovormi a posolstvami, ktoré odrážali jeho hlboké duchovné presvedčenie a pohľad na aktuálne dianie vo svete.
Príhovory počas návštevy Československa
Počas svojej historickej návštevy Československa v apríli 1990, krátko po páde komunizmu, Ján Pavol II. vyjadril svoju radosť a očakávanie stretnutí s ľudom. Jeho pohľad sa už od prvej chvíle upieral na „krásnu zem pod Tatrami, na Slovensko“. Poslal svoj pozdrav celému národu i národnostiam, ktoré tam žijú a pracujú, a s radosťou predznamenával stretnutie v Bratislave.
V Bratislave 22. apríla 1990 vyjadril vďačnosť Pánovi za dar viery, ktorú prijali predkovia od svätých Cyrila a Metoda. Pripomenul si vieru slovenského národa, ktorá mu v ťažkých skúškach, ako tatársky vpád či turecké obsadenie, dodávala silu odolať. Spomenul pútnické miesta ako Šaštín, Levoča či Staré Hory, kde mnohí nachádzali stratenú vieru a posilu. Zdôraznil osobitnú lásku Slovákov k rímskemu pápežovi a k Panne Márii ako dedičstvo svätých vierozvestov.
Vzhľadom na minulé obdobie totalitného režimu, ktoré zanechalo „negatívne následky, medzi nimi aj istý druh paralyzujúcej pasivity“, Svätý Otec zdôraznil potrebu biskupov zjednotiť sa a utvoriť biskupskú konferenciu na lepšie plnenie úloh. Upozornil aj na potenciálne nebezpečenstvá zo strany „slobodných stykov so Západom“, keďže nie všetko, čo Západ ponúka, zodpovedá evanjeliovým hodnotám.
V Prahe 21. apríla 1990 Ján Pavol II. hovoril o „dlhom putovaní púšťou“ po štyridsiatich rokoch a o „Veľkonočnom rane s radostným Aleluja“. Po modlitbe Anjel Pána v poľskom pozdrave pripomenul 60. výročie Varšavského povstania, vzdal česť jeho hrdinom a žehnal „hrdinskej Varšave“.
Učenie o bohatstve a duchovných hodnotách
V príhovore pred modlitbou Anjel Pána v Castel Gandolfe 1. augusta 2004 Ján Pavol II. poukázal na Ježišovo učenie o pravom bohatstve, ktoré nespočíva v hmotných statkoch, ale v duchovnom bohatstve prameniacom z uznania prvenstva Boha v živote a z vedenia sa evanjeliom. Citoval Ježišove slová o tom, že „ten, kto zhromažďuje bohatstvo, ale pred Bohom nie je bohatý, je blázon“ (por. Lk 12,21).
Za mimoriadneho svedka a príklad tohto duchovného bohatstva označil Pannu Máriu, ktorá sa označuje za „služobnicu“ Pána. Vyjadril nádej, že Panna Mária bude viesť veriacich po ceste kresťanskej svätosti, ktorá je prameňom pokoja a radosti. Svoju nádej na túto milosť pre všetkých veriacich spojil so svojimi budúcimi púťami do Lúrd a Loreta. Poďakoval Talianskej biskupskej konferencii a Katolíckej akcii za pozvanie a pri tejto príležitosti oznámil, že zapíše do zoznamu blahoslavených troch členov Katolíckej akcie: Pedra Tarrésa y Clareta, Alberta Marvelliho a Pina Suriana. Povzbudil členov Katolíckej akcie k účasti na púti do Loreta s cieľom prosiť Pannu Máriu Loretánsku o „novú jar milosti a elán“.
Postoj k trestu smrti a ochrana života
Kardinál Ján Pavol II. v roku 1992 v Katechizme Katolíckej cirkvi uviedol, že tradičné učenie Cirkvi uznáva práva a povinnosti verejnej moci stíhať občanov trestami primeranými závažnosti previnení, pričom „v mimoriadne vážnych prípadoch nevynímajúc ani trest smrti.“
Avšak o dva a pol roka neskôr, v encyklike *Evangelium vitae*, napísal, že „ani vrah nestráca svoju osobnú dôstojnosť a Boh sám sa stáva jej garantom“. Ocenil rastúci odpor verejnej mienky proti trestu smrti, ktorý vyplýva z presvedčenia, že spoločnosť je schopná bojovať proti zločinnosti metódami, ktoré zločinca zneškodnia, ale nezbavia ho možnosti zmeniť svoj život. Podľa jeho názoru sa prípady, kedy by bolo nevyhnutné použiť trest smrti, už vtedy stali „veľmi zriedkavými, ak sa ešte vôbec skutočne vyskytujú“.
Následne nariadil revíziu katechizmového článku o treste smrti tak, aby zohľadnil učenie *Evangelium vitae*. Prípustnosť použitia trestu smrti bola minimalizovaná na prípady, keď je „jedinou možnou cestou na účinnú obranu ľudských životov pred nespravodlivým útočníkom“. Revidované znenie zdôraznilo, že „dnes, keď už štát má k dispozícii možnosti účinne potlačiť zločin tak, že zneškodní páchateľa a pritom mu definitívne neodníme možnosť vykúpiť sa, prípady, v ktorých je absolútne nevyhnutné usmrtiť vinníka, ,sú už veľmi zriedkavé, ak sa ešte vôbec skutočne vyskytujú´“.
Postoj Jána Pavla II. bol de facto odmietaním vykonávania trestu smrti. Slovenskí biskupi na prelome tisícročí vychádzali z jeho učenia, keď v diskusii o treste smrti na Slovensku dospeli k záveru, že má povahu pomsty a jeho „preventívny“ účinok je problematický, pričom odníma možnosť obrátenia hriešnika.

Vplyv na politické udalosti a ideológie
Ján Pavol II. bol označovaný za hybateľa svetových udalostí, ktorý „zmenil politické prostredie 20. storočia“. Je považovaný za jedného z tých, ktorí prispeli k „relatívne mierovému zániku Ríše Zla“ (komunizmu).
Jeho politické dedičstvo zahŕňa:
- Odmietnutie navštíviť Juhoafrickú republiku počas apartheidu, no návšteva Kuby Fidela Castra.
- Odsúdenie americkej invázie do Iraku napriek tomu, že bol totalitným štátom.
- Výzvy v roku 1981 v Poľsku na svedomie sveta, napriek nesúhlasu so sankciami USA voči Poľsku po potlačení Solidarity.
- Podpora opozičných skupín proti režimom Marcosa na Filipínach a Stroessnera v Paraguaji.
- Odsúdenie teológie oslobodenia v Južnej Amerike.
- Obrana práva na súkromné vlastníctvo a kritika liberálneho kapitalizmu ako nehumánneho.
- Kritika komunistickej snahy budovať „mesto bez Boha“ a zároveň varovanie Poliakom pred napodobňovaním Západu a jeho „totalitnou demokraciou“.
- Spojenie s moslimskými krajinami na konferenciách OSN s cieľom presadiť kresťanské hodnoty v otázkach rodiny a potratov.
Pápež nebol primárne politikom, ale skôr metafyzikom, ktorý sa riadil presvedčením o Božej suverenite a o ľudskej dôstojnosti ako dare od Stvoriteľa. Jeho opatrnosť pri rozhodnutiach nebola vždy priamočiara, no vychádzala z jeho morálnych princípov. Napríklad, jeho oponovanie trestu smrti bolo výsledkom jeho úsudku o dosiahnutí „kultúry života“, nie vyhlásením, že trest smrti je v nesúlade s katolíckymi zásadami. Podobne, pri atómových zbraniach, rozpoznal princíp legitímnej obrany a ich odstrašujúcu úlohu, napriek odsúdeniu ich použitia na ničenie bez rozdielu.
V kontexte studenej vojny Ján Pavol II. aktívne bojoval proti komunizmu. Používal slovník morálky na opísanie Sovietskeho impéria ako „zla“, čím podnietil nádej za Železnou oponou a prispel k pádu komunizmu. Jeho slová mali osobitný dopad, keďže poznal totalitné zlo z vlastnej skúsenosti.
Po páde komunizmu pápež kritizoval Západ za morálny relativizmus a „totalitnú demokraciu“, ktorá vzniká po odstránení prirodzených zákonov a vnímaní sveta len cez optiku sily a vôle.

Reakcie na sexuálne zneužívanie v Cirkvi
Počas pontifikátu Jána Pavla II. sa začali objavovať otázky týkajúce sa sexuálneho zneužívania maloletých duchovnými a reakcií Cirkvi na tieto činy. Hoci sa objavili tézy o tom, že pápež nepostupoval správne alebo problém zatajil, analýzy poukazujú na postupný rast jeho poznania a rozhodnosť v riešení tejto krízy.
Prvé signály o problémoch v cirkvi v USA dostal v roku 1985. Počas návštevy episkopátu USA ad limina v roku 1993 si všimol nejednotnosť biskupov v uplatňovaní trestného zákona a nedostatočné uvedomenie si škodlivých následkov pre obete. V liste americkým biskupom zdôraznil oprávnenosť kánonických trestov a varoval pred senzáciou okolo zla.
V roku 1994 vydal pre Cirkev v USA indult, ktorý zvýšil vek ochrany maloletých na 18 rokov a predĺžil premlčaciu lehotu. V roku 2001 vydal pre celú Cirkev dokument *Sacramentorum sanctitatis tutela*, ktorý určil jurisdikciu Svätej stolice nad všetkými prípadmi sexuálneho zneužívania maloletých a zmenil dovtedajšie postupy.
V apríli 2002 na stretnutí s americkými kardinálmi Ján Pavol II. zdôraznil bolesť zranených, potrebu premeny Cirkvi na svätejšiu a nemožnosť tolerovať tých, ktorí ubližujú maloletým. Uviedol, že „v kňazskom a rehoľnom živote nie je miesto pre tých, ktorí by ubližovali mladým“.
Obraz Jána Pavla II. v súvislosti s touto krízou je obrazom pastiera, ktorý jej odvážne čelil, uvedomujúc si, že môže ohroziť plnenie poslania Cirkvi. Jeho kroky znamenali bezprecedentný zlom v boji Cirkvi proti sexuálnym zločinom vo vlastných radoch.